Sadašnja zastava prvobitno je nametnuta političkim putem 04. februara 1998. godine, nakon čega je 2001. godine usvojio Parlament Bosne i Hercegovine.
Zamijenila je tada zastavu “sa ljiljanima”, koja je bila državna zastava Bosne i Hercegovine od njene nezavisnosti i priznanja od strane Ujedinjenih naroda 1992. godine.
Dugo vremena su bh. politički predstavnici iznosili radikalno različite prijedloge zajedničke državne zastave. Predlagana je zastava sa podijeljenim poljima za Federaciju BiH i Republiku Srpsku ili za tri konstitutivna naroda, pa čak i zastava sa dva lica.
Početkom 1998. godine, tadašnji visoki predstavnik u Bosni i Hercegovini Karlos Vestendorp odbacio je sve ponuđene i iznio nekoliko neutralnih prijedloga. Poslanici državnog Parlamenta ni o tim prijedlozima nisu mogli postići dogovor.
Nakon toga, 03. februara 1998. godine, Vestendorp je donio odluku o nametanju Zakona o zastavi Bosne i Hercegovine, kojim je proglasio sadašnju zastavu koja se koristi na cijeloj teritoriji Bosne i Hercegovine.
Izabrana je tamno plava zastava, koja korespondira sa plavom bojom zastave Evropske unije.
Žuti trougao predstavlja geografski izgled Bosne i Hercegovine. Zvijezde predstavljaju evropsko okruženje, a tri ugla trokuta simboliziraju tri konstitutivna naroda u Bosni i Hercegovini.
Bosna i Hercegovina je jedina zemlja koja je u 20. stoljeću zastavu mijenjala četiri puta, s tim da svaka nova zastava nije imala kontinuitet s prethodnom.