Od sedme do dvanaeste godine pohađao je školu u internatu Notre-Dame, a zatim koledž u Aixu gdje je dva puta pao na maturi zbog francuskog jezika te su mu se rugali da je provincijalac koji ne umije čestito govoriti francuski.
Rano je ostao bez oca, a majka mu više nije mogla pomagati, pa je stanovao u bijednim uslovima u mansardi nad Parizom, gdje se odlučio ostvariti mladenački san i postati književnik. Zaposlio se u izdavačkoj knjižari Hachette da bi zaradio za život, ali se i približio književnim krugovima i ubrzo postaje voditelj odjela za reklamu.
Zola u slobodno vrijeme piše „Priče Ninoni“ koje završava u svojoj dvadeset i četvrtoj godini.
Iako je u književnost ušao kao romantičar, pod uticajem naglog razvoja prirodnih nauka, ne zadovoljava metodama realizma.
Emile Zola je prvi olikovao teoriju naturalizma u raspravama Romanopisci naturalisti i Eksperimentalni roman te u predgovoru romanu Therese Raquin te je osnivač i vođa naturalističke škole.
Posebno se istakao 1898. godine u Dreyfussovoj aferi svojim čuvenim proglasom “Optužujem” i navukao na sebe gnjev vlasti koja ga je osudila na zatvor, te se morao skloniti u Englesku.
U posljednjim godinama stvaranja sve se više bavi društvenom problematikom potiskujući u sebi romanopisca kako bi postao moralizator. Tada nastaju sljedeći ciklusi: trilogija Tri grada (Trois Villes – Lourdes 1894., Rome 1896., Paris 1898.) i nedovršena tetrologija Četiri evanđelja – Plodnost, Rad, Istina i Pravda (Les Quatres Evangiles – Fécondité (1899.), Travail (1901.), Vérité (1903.), Justice (nedovršeno).
Tvorac je angažirane književnosti i borbenog društvenog novinarstva, a sam je bio plodan i aktivan novinar, osobito do 1880. Pred kraj života proročki je najavio pobjedu narodnih masa i dolazak besklasnog društva gdje će jedino mjerilo ljudske vrijednosti biti rad.
Premda je Zola nesumnjivo jedan od najznačajnijih francuskih književnika, visoku umjetničku vrijednost dostiže jedino o opisima masovnih scena, gdje je pravom epskom snagom znao prikazati instinkt gomile, dok mu je glavni nedostatak u površnoj karakterizaciji likova i pomanjkanju psihološke uvjerljivosti.
Umro je otrovan plinom 29.septembra 1902., a u pogrebnom govoru Anatole France nazvao ga je „čovjekom koji je u jednom trenutku predstavljao savjest čovječanstva”. Šest godina kasnije, njegov je pepeo prenesen u Panteon, grobnicu najslavnijih francuskih ličnosti.
Zolin moto bio je: „Neću sve što nije život, temperament, stvarnost!”