18-godišnji učenik škole uhapšen je zbog sumnje da je izvršio ubistvo.
Lokalni mediji javljaju da je bio naoružan nožem i sjekirom, iako policija još nije službeno potvrdila detalje.
Dve žene, zaposlene u srednjoj školi u Malmeu, prevezene su u bolnicu kolima hitne pomoći, ali su preminule od zadobijenih povreda.
Oko 50 ljudi, učenika i nastavnika, nalazilo se u zgradi kada se incident dogodio. Policija je saopštila da je primila izvještaje o "sumnjivom ozbiljnom zločinu" u ponedjeljak nešto poslije 17:00 (16:00 GMT).
Kada su stigli, službe hitne pomoći pronašle su dvije osobe povrijeđene u velikoj srednjoj školi u trećem po veličini gradu u Švedskoj.
„Sa velikom tugom možemo konstatovati da su dvije osobe izgubile život u ovom strašnom događaju i mislimo na njihovu rodbinu i prijatelje“, rekla je šefica policije u Malmeu Petra Stenkula.
Navodni napadač je navodno sam pozvao hitnu pomoć i priznao da je ubio dvije osobe, prenose švedski mediji.
Policija je evakuisala školu i pretražila teren, ali nije pronašla "nikakve naznake" da ima više počinilaca.
Nastavnici i učenici rekli su lokalnim medijima da je policija ušla u školu s izvučenim oružjem i naredila im da ostanu zaključani u svojim učionicama nekoliko sati.
Škola je ostala ograđena policijskom trakom nekoliko sati kasnije, a brojni policijski automobili i kola hitne pomoći su još uvijek na mjestu događaja.
"Ovo je apsolutno strašno", rekao je direktor Fredrik Hemmensjo za novine Aftonbladet, rekavši da je u školi bilo "smrtonosnog nasilja".
Policajci su rekli da još pokušavaju da razjasne šta stoji iza incidenta.
"Sada čeka mnogo posla kako bismo mogli razumjeti šta se dogodilo i osnovni motiv ovog užasnog događaja", rekao je šef policije na sjeveru Malmea Åsa Nilsson.
Policija bi u utorak ujutro trebala održati konferenciju za novinare s više detalja.