Optužbe će vrhovnom verskom lideru islamističkog pokreta biti predočene za 15 dana, prenijela je agencija AFP.
Muslimanska braća su za privremenog lidera imenovala Mahmuda Ezata, dosadašnjeg zamjenika.
Badije je uhapšen danas u stanu blizu kairskog trga Raba el-Adavija, gdje je u srijedu u akciji policije poginulo više od 200 Morsijevih pristalica.
Badijeov sin je ubijen u protestima protiv Morsijevog svrgavanja.
Egipatsko ministarstvo unutrašnjih poslova je saopštilo da je uhapsilo više od 1.000 pristalica Muslimanske braće tokom nereda u Kairu.
Morsija je 3. jula smijenila vojska, a njegove pristalice to nazivaju vojnim udarom.
Morsijevi protivnici, međutim, tvrde da vojska nije imala drugog izbora osim da interveniše poslije početka nove narodne pobune poput one u kojoj je 2011. zbačen predsjednik Hosni Mubarak.
Prema podacima AFP-a, od izbijanja masovnih demonstracija protiv Morsija krajem juna ubijeno je više od 1.000 ljudi.