Uz Merčepa se vezalo više ratnih zločina koje su počinili pripadnici jedinice kojom je komandovao tokom rata u Hrvatskoj.
Među njima nekoliko ih je pravomoćno osuđeno za ubojstva iz obijesti – Munib Suljić, Siniša Rimac, Igor Mikola i drugi. Merčepova skupina navodno je po narudžbi izvršila ubojstvo Milana Zeca. Njega, suprugu njegovu i kćer odveli su na Sljeme te ih ubili. Djevojčicu je ubio Rimac.
Županijsko državno odvjetništvo pripremilo je zahtjev pokretanjem istrage protiv njega zbog zapovjedne i neposredne odgovornosti za ratne zločine protiv civilnog stanovništva počinjene 1991. Tereti ga se protuzakonito odvođenje srpskih civila u jedan do paviljona zagrebačkog velesajma 1991. te odvođenje civila sa šireg područja Pokračke poljane, njihovo mučenje i likvidacije na Pakračkoj poljani koje su počinile jedinice u pričuvnom sastavu MUP-a pod njegovim zapovjedništvom.
Ovih dana na odjelu sudske medicine na zagrebačkoj Šalati DNA metodom dovršene su zadnje identifikacije tijela ekshumiranih na području Pakračke poljane, ali i iz drugih dijelova Hrvatske za čije likvidacije je odgovorna jedinica pod njegovim zapovjedništvom. Doznajemo da se radi oko četrdesetak tijela od kojih je osam, nakon likvidacije 1991. bilo i spaljeno.
Protiv Merčepa se istraga pokreće 19 godina nakon počinjenja ratnih zločina.
Za aktivnosti Tomislava Merčepa i njegove skupine hrvatska javnost doznala je još početkom 1992. kad je uhapšena skupina koja je likvidirala zagrebačku obitelj Zec. Privedeni su tada u istrazi progovorili ne samo o ubojstvu te zagrebačke obitelji, već o nizu drugih odvođenja i likvidacija koje su počinili na Pakračkoj poljani.
Zbog proceduralne pogreške oslobođeni kaznene dogovornosti za ubojstvo obitelji Zec, a kad su posrijedi zločini na Pakračkoj poljani optuženi su i osuđeni samo za ubojstvo svog suborca Aleksandra Saše Antića. Ni u suđenju za ubojstvo obitelji Zec, niti u suđenju za ubojstvo aleksandra Antića, Merčep nije pozvan niti u funkciji svjedoka.
Pripadnik Merčepove skupine Miro Bajramović je 1997. u intervjuu splitskom Feral Tribuneu detaljno govorio o 90 do 100 likvidacija srpskih civila koje je ta jedinica počinila diljem Hrvatske.