Prema pravilniku o plaćama i novčanim naknadama zaposlenih iz 2008. godine, koji je u primjeni, pravo na naknadu za odvojeni život imaju službenici i zaposleni na graničnim prijelazima čije je mjesto stanovanja udaljeno preko 140 km do radnog mjesta, dok pomoćnik direktora, načelnik odjeljenja, državni službenici raspoređeni u Sektoru za poreze imaju to pravo, ukoliko im je mjesto prebivališta udaljeno preko 100 km od radnog mjesta. U ovoj instituciji je izvršena provjera podataka o prebivalištu zaposlenih u Upravi, što je osnova za sticanje prava na naknade troškova zaposlenih.
U revizorskom izvještaju se navodi kako je Uprava potrošila 722.964 KM za usluge mobilne i fiksne telefonije. Službenici imaju ograničen novčani trošak za korištenje mobilne i fiksne telefonije – od 40 do 250 KM, zavisno od posla kojim se bave. Kada su u pitanju troškovi fiksnog telefona: direktor, pomoćnici i šefovi kabineta imaju neograničeno pravo na korištenje, odnosno „shodno svojim potrebama“, a direktor i kada je u pitanju trošak mobilnog telefona. Tokom 2011. godine pravo na priznavanje troškova mobilnih telefona ostvarilo je 264 lica zaposlena u UIO-u, odnosno 20 osoba više nego godinu dana ranije.
Ured za reviziju je imao primjedbe i na zapošljavanje u UIO-u, gdje još uvijek nije riješeno pitanje sistematizacije radnih mjesta. U Upravi je u prošloj godini po ugovoru o radu na određeno vrijeme bilo angažirano 282 lica, od toga su 172 bivši pripravnici kojima je nakon isteka pripravničkog staža produžavan ugovor o radu na određeno vrijeme, uz manje prekide, dok su 72 osobe novi uposlenici, od čega je 56 osoba sa srednjom stručnom spremom za čije zapošljavanja nije provedena procedura javnog oglasa.
Također, u Upravi postoji više od 300 zaposlenika koji su prethodnih godina primljeni u stalni radni odnos, nakon što su ranije u kontinuitetu radili na određeno vrijeme u trajanju od dvije godine. Ti zaposlenici nemaju status državnog službenika, a rade na mjestima državnih službenika.