Fabriku ni rat nije zaustavio, ali je podlegla pod teretom problema izazvanih nedomaćinskim upravljanjem i izvlačenjem novca većinskih vlasnika nakon privatizacije na čijem je čelu bio bivši premijer Republike Srpske Pero Bukejlović.
Početkom devedesetih „Trudbenik“ je zapošljavao 1.350 radnika, a imao je pogone u Doboju na Usori, na lokalitetu Bare u ovom gradu i u Tesliću, a podmirivao je tržište kompresora bivše države i izvozio u inostranstvo.
Fabrika je čak i tokom rata radila punom parom iako je tada zapošljavala oko 50 odsto radnika u odnosu na raniji period, a izvoz kompresora u Sloveniju, Makedoniju, Hrvatsku i Srbiju nastavio se neometano.
Uvoz i nekonkurentnost nakon rata pokrenuli su lavinu problema. Fabrika je dva puta bezuspješno nuđena na prodaju putem tendera, a konsolidovani gubitak na kraju 2006. godine iznosio je 7,8 miliona maraka, dok su kratkoročne obaveze iznosile 6,8 miliona KM.
„Trudbenik“ je privatizovan 22. marta 2008. godine zajedno sa dvije kćerke-firme, a u njenom vlasništvu bilo je 27.000 kvadratnih metara poslovnog prostora i 140.000 kvadrata zemljišta na lokacijama u dobojskim naseljima Usora i Bare i u Tesliću.
Ugovor su tada potpisali direktor Investiciono-razvojne banke Republike Srpske Jasminko Jotić i Radovan Tafra u ime konzorcijuma firmi „Aikon“ i TEP iz Zagreba i „Kompair“ iz Doboja čiji je vlasnik Bukejlović.
Konzorcijum se ugovorom o kupovini 57,4 odsto kapitala obavezao na uplatu 500.000 KM, investicije od 3,1 milion maraka, te povećanje broja zaposlenih sa tadašnjih 301 na 355 u roku od tri godine.
„Aikon“ i „Kompair“ kupili su po 27 odsto, a TEP 3,4 odsto kapitala.
Umjesto oporavka krenulo je komadanje „Trudbenika“ i izvlačenje novca iz fabrike, a za te potrebe osnovan je „Trudbenik Energy“ čiji je direktor bio Bukejlović.
Krivična istraga protiv Bukejlovića, njegovog sina Milorada i još trojice povezanih rukovodilaca pokazala je da su tokom 2013. i 2014. godine „nepravilnim izdvajanjem sredstava“ ispumpali preko 6,3 miliona KM.
Fabrika je 2014. godine u poplavi pretrpjela žestok udar koji joj je prepolovio obim proizvodnje. Mulj i blato koje je donijela rijeka Bosna onesposobili su pogon na tri mjeseca.
Ovo se odmah odrazilo na poslovanje, narudžbe nisu mogle da budu ispunjene, a priliv novca u fabriku je potpuno prestao.
Bivši premijer je upropastio preduzeće do te mjere da je čak koristio 88.000 maraka sredstava iz Fonda radničke solidarnosti u koji su zaposleni izdvajali novac za pomoć kolegama u nevolji.
Imao je i svoj „sindikat“ koji je bez pogovora štitio njegove interese.
Konačno, 5. oktobra 2015. godine proizvodnja je stala, a fabrici su isključeni struja i voda.
Radnici su tada organizovali stražu da sačuvaju fabriku od pljačkanja. Osam mjeseci kasnije otvoren je stečajni postupak.
Radnici su izlaz iz loše situacije vidjeli u reorganizaciji preduzeća, potraživali su 26 plata, a čak devet godina im nisu bili uplaćeni doprinosi.
Održane su tri neuspjele licitacije sa ponuđenim iznosima od oko 19, 16 i 14 miliona KM.
Vrijednost fabrike prije privatizacije procijenjena je na 36 miliona mraka, a u stečajnom postupku je snižena na dvadesetak miliona maraka.
Kompanija „Siti mol“ iz Bijeljine kupila je u martu ove godine fabriku za 12 miliona KM, a svi radnici i povjerioci su uspjeli da se namire iz ove prodaje.
Radnici su konačno dobili zaostale plate i doprinose, a u toku je prodaja posljednjih preostalih mašina iz ove fabrike.
Ipak, opet je najbolje prošao Bukejlović koji je na ovoj prodaji zaradio još 50.000 maraka, a kao vlasnik 27 odsto akcija dobiće još najmanje 270.000 KM kada se akcionarima podijeli preostalih oko milion maraka od prodaje stečajne mase.